雖然每人每天都會用到自來水，但自來水中為了消毒，會產生三鹵甲烷類。發現歷年各國的研究指出：使用加氯自來水和膀胱癌、大腸癌有關（約1.3倍，來自統合分析meta-analysis）！
加氯自來水會致癌，是因為消毒而產生副產品：三鹵甲烷類，而這類化合物最知名的就是大名鼎鼎的氯仿（chloroform，致癌物）。而日常最主要的暴露是淋浴吸入。
1998年高醫大做了台灣本土的研究發表國際期刊。他們選了使用自來水和和不用自來水的鄉鎮做對比，經過都市化程度、人口密度、職業配對校正之後，發現使用自來水的台灣人，男性罹癌率是1.3倍、腎臟癌2.5倍、膀胱癌1.9倍、直腸癌1.42、肺癌1.6；女性膀胱癌3.9倍、腎臟癌2.2倍、肺癌1.9。
此後，陸續有我國的自來水風險研究。
歷年台灣研究
1997年，中國醫藥大學以「每天洗澡20分，喝水2公升」計算出致癌危險性是 高雄 每十萬人增加6人、台北1人、台中1人罹癌。
2001年，中山醫學大學認為當時台灣自來水中三鹵甲皖的致癌風險高於標準（百萬分之一，10的-6次方）3–14倍，與膀胱癌、大腸癌、胰臟癌的死亡率呈現正相關。
2001年，台北醫學大學研究全國自來水的風險，發現南部的自來水致癌風險較高，是標準的200倍，達到1.94×10−4（國際標準為10−6），亦即「每10萬人會有19人因為自來水罹癌」。
2002年，吳焜裕教授（後來擔任第9屆立委）當時在中國醫大做的研究，依照台中人的體型、洗澡時間，算出洗澡罹癌風險是7.39 ×10–6（略高）。
2003年，台大搜集台北、台中、高雄、金門四區域的自來水，認為北、中的致癌風險是2×10–5（每10萬人2人罹癌）（跟上述研究相似）， 高雄、金門有較高的總三鹵甲烷濃度， 致癌風險較高，為5×10–5（每10萬人5人罹癌）（也跟上述研究相似）。
2006年，中山大學分析高雄自來水致癌風險，發現旗津致癌風險(3.82×10–4)最高，三民致癌風險(4.10×10–5)最低；但都還是遠高於標準40倍。平均每10萬個高雄人大概會有15人 因為暴露三鹵甲烷而罹癌。
在2006年後，我國下修三鹵甲烷標準。所以新的自來水的致癌風險可能還要重新評估。
當然不是因此就拒用自來水，拒絕消毒。萬事萬物都有風險。但是考量因為其他殺菌成本太高，所以我國目前還是選用這種有少許致癌風險的加氯消毒法。
減少風險
雖然說致癌的機會不高，我們不能否認這些風險，大家可以：洗澡洗快點，洗澡要開窗戶，不要洗太熱（洗越熱氯仿釋出越多）。不要長期待在加熱水的地方（浴室、洗衣房、飲水間）。自來水也不要生飲，要煮沸。
參考資料
都會區飲用水中揮發性有機化合物之測定及其居民致癌危險性評估，蔣宗芬
台灣地區飲用水中致癌性化合物暴露之評估及其與癌症死亡率相關性之探討，張哲誠
Environ Res. 2001 Feb;85(2):77–82.
Sci Total Environ. 2007 Nov 15;387(1–3):86–95. Epub 2007 Aug 28.
飲用水中三鹵甲烷生成及其致癌風險評估，鄧雅謓
自來水水質分析調查及總三鹵甲烷之風險評估－以高雄市為例，周瑋陞
